مهار ریبونوکلئیک اسید ویروس کووید در سلول میزبان با هدف قرار دادن برهمکنش بین HR1 و HR2

        پرفسور حسین توکل 

      دانشکده شیمی دانشگاه صنعتی اصفهان

     h_tavakol@iut.ac.ir

 آقای حسین حق شناس

(دانشجوی دکترا-دانشکده زیست شناسی –دانشگاه شهرکرد)

 خانم بیتا کاویانی

 (دانشجوی دکترا-دانشکده زیست شناسی-دانشگاه آزاد شهرکرد)

 بیو شیمی فیزیک محاسباتی

مطالعات اخیر نشان داده است که ورود ویروس کرونا به سلولهای میزبان تا حد زیادی به عملکرد اسپایک‌های گلایکوپروتئین بستگی دارد. این گلیکوپروتئینها می‌توانند گیرنده های ACE2 را بر روی سطح سلولهای اپیتلیال آلوئول ریه انسان در دستگاه تنفسی تحتانی تشخیص دهند. اسپایک‌ها، پروتئین های فیوژن تریمری هستند و از دو زیر واحد S1 و S2 تشکیل شده اند. زیر واحد S1 از طریق دامنه اتصال گیرنده آن (RBD) به گیرنده های ACE2 سلول هدف متصل می شود و متعاقباً، این تعامل باعث تشکیل اندوزوم در غشای سلول میزبان می شود. در این مرحله، همجوشی غشای سلولی بین سلول میزبان و ویروس به دلیل تغییرات ساختاری زیر واحد اسپایک  S2 واسطه تعامل دو دامنه تکرار هپاد S2 به نام HR1 و HR2 صورت می گیرد. با توجه به نقش اساسی اسپایک در واسطه عفونت ویروسی، این گلیکوپروتئین ها می تواند به عنوان یک هدف اساسی برای طراحی داروهای عفونت ویروسی در نظر گرفته شود. در این مطالعه، با هدف انجام مجموعه ای از شبیه سازی های نظری با استفاده از تکنیک های دینامیک مولکولی به بررسی مکانیسم تعامل HR1-HR2 و طراحی مهار کننده های HR2 مانند پرداخته خواهد شد. همچنین، خواص مولکولی تعامل HR1-HR2 و قرابت اتصال آنها مورد بررسی قرار گرفته و سپس، با اصلاح بقایای مهم سایت تعامل، یک پپتید مهاری شبیه به HR2 طراحی خواهد شد.